自社におけるシステム改修等が必要になるため、2020年4月以降に開始する事業開始年度から電子申請に切り替えることが困難です。罰則はあるのでしょうか。

罰則はありませんが、「電気通信回線の故障や災害などの理由により、電子申請が困難と認められる場合のみ、電子申請によらない方法により届出が可能」となっています。