複数事業所の届書を代行して提出したいのですが、事業所管理レコードに収録されている事業所の順序に併せてデータレコードに届書を収録するのでしょうか。

　事業所管理レコードに収録する事業所の順序と、データレコードに収録する届書の順序は関係ありませんので、届書については、順不同で自由に収録していただいてかまいません。
　また、事業所管理レコードに収録する事業所の順序も事業所整理記号の順序とは関係ありませんので、順不同で収録していただいてかまいません。