令和2年4月以降、電子証明書を利用した電子申請ができなくなるのでしょうか。

電子証明書を利用した電子申請ができなくなることはありません。

令和2年4月以降、電子証明書に加えて「GビズID」を利用して電子申請ができるようになりました（利用は無料）。「GビズIDを利用した電子申請」と「電子証明書を利用した電子申請」のいずれかにより電子申請をすることができます。