電子送付で控除証明書を受け取った後に、紙の控除証明書で手続きを行うことになった場合、どうすればいいですか。

方法は2つあります。

電子送付された「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」のデータを国税庁が提供する「QRコード付き証明書等作成システム（外部リンク）」へ取り込み、印刷することで、紙の「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」として利用できます。
次の2の方法よりも早く利用することができます。

「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」の再交付申請を行ってください。「ねんきんネット」からの申請はいつでも可能なので、便利です。
なお、「ねんきんネット」で確認できる「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」のPDFファイルは、「お客様控」であるため、年末調整や確定申告の際の添付書類としては利用できません。ご注意ください。

詳しくは「確定申告・年末調整に必要な通知書をマイナポータルで受け取る」をご覧ください。