「追納等の情報に関する条件入力」画面において、納付する保険料の金額欄には加算金は含んでいますか。

含んでいます。
学特期間（納付猶予を含む）、追納期間（全免、1/4免、半免、3/4免を含む）のそれぞれの金額欄は、保険料額に加算金を加えた金額を表示しています。