第3号被保険者のときにパート勤めをして130万円以上の収入がありましたが、第1号被保険者となるための手続きをしていませんでした。今はパート勤めを辞めていますが、パートを辞めた以降の期間も3号不整合期間となるのですか。配偶者はずっと第2号被保険者です。

第3号被保険者が、パート収入の増加などにより第2号被保険者である配偶者に扶養されなくなったときは、第3号被保険者ではなくなり、第1号被保険者として国民年金に加入することになりますので、種別変更の届出が必要です。（種別変更の届出がない場合、扶養されていなかった期間は3号不整合期間となります。）
その後、再び第2号被保険者に扶養されたときは、改めて第3号被保険者該当届を提出することで第3号被保険者期間となります。