適用証明書の申請書には、ベルギー企業の登録番号を記入する欄がありますが、ベルギーで新たに会社を立ち上げる場合、登録番号が付番されるまで、相当期間（1年程度）かかるそうです。この場合、どのような手続きを行うべきですか。

ベルギー企業の登録番号の欄は空欄にし、備考欄にその旨を記載のうえ、適用証明書交付申請書を提出してください。登録番号が付番されるまでは、番号が空欄になっている適用証明書を交付します。
その後、番号が判明した時点で、適用証明書の再交付申請を行ってください。